挤奶设备清洗的主要目的是清除设备中可与牛奶接触的部位的牛奶沉积物。如果不进行清洗，一方面牛奶质量不会有所改善，另一方面还会对后期挤奶产生负面的影响。挤奶设备的清洗主要是控制微生物，包括清除挤奶后的残余物质和杀灭微生物，这就要求应该在挤奶后立即进行清洗。
挤奶设备清洗通过清除挤奶后残存的液态奶和部分风干的奶膜，防止细菌在设备中定植和繁殖。清洗主要是用水冲洗残奶，但对于清洗系统比较难的是奶膜的清洗。残奶中的脂肪和蛋白质是细菌滋生的良好基质，如果残奶中含有细菌，将导致细菌快速大量增殖；有些牧场用水硬度比较高时，水中的钙、镁等离子可以与牛奶形成奶石，这些奶石不仅可以附着于挤奶设备的内表面，还可以被大量的微生物附殖；当某些条件适宜时，尽管眼观清洗干净的表面，也可以发现会形成一层由一些微生物组成的生物膜，而这种生物膜的形成是挤奶设备清洗的威胁之一。
挤奶设备清洗不仅包括挤奶设备内部的清洗，还包括挤奶设备外部的清洗，以及挤奶台架、挤奶设备周边和挤奶厅环境的清洁。挤奶厅卫生是挤奶厅管理的重要环节之一，也是牛奶质量保证的前提。
总之挤奶设备每次使用后都必须进行相应的清洗工作，不仅能够确保挤奶质量，而且对于设备也是一种较好的保养方法。